Thành Hoàng Đế còn chứng kiến những trận đánh giữa nhà Tây Sơn và nhà Nguyễn, trong đó có trận đánh bao vây thành của hai tướng Tây Sơn là Trần Quang Diệu, Võ Văn Dũng với tướng Võ Tánh nhà Nguyễn vào tháng 5/1801. Biết cầm cự không nổi với quân Tây Sơn, Võ Tánh đã tự thiêu còn quan văn Ngô Tùng Châu uống thuốc độc tự tử. Sau khi triều đại Tây Sơn sụp đổ vào năm 1802, thành Hoàng Đế đã bị nhà Nguyễn san phẳng. Ngay trên mặt bằng của điện Bát Giác, nơi Vua Thái Đức thiết triều, Nguyễn Ánh đã xây lăng mộ và lầu Bát Giác thờ tướng bại trận Võ Tánh và Ngô Tùng Châu.
Tử Cấm Thành luôn rợp bóng cây xanh rất thơ mộng. Thấp thoáng sau tán cây cổ thụ là ngọn tháp Cánh Tiên từ thời Chămpa nghiêng mình e ấp đẹp tựa tranh vẽ. Trải qua sự tàn phá của thời gian, những cây cổ thụ với đủ loại: me, sung, bồ đề, khế…vẫn hiên ngang đứng đó như những chàng lính ngự lâm oai dũng bảo vệ cấm cung.
Với tuổi đời hàng trăm năm, thành cổ Hoàng Đế được ví như một quyển sách cổ bị bỏ quên, để rồi nếu vô tình chạm đến và mở ra, du khách sẽ bị chinh phục bởi nét đẹp của những trang dĩ vãng, những dòng lịch sử hết sức giá trị. Không ai lý giải được vì sao cây me già trải qua hàng trăm mùa thay lá vẫn cao lớn, xanh tốt; bức tường thành đá ong cũ nát nhưng vẫn còn đong đầy nét độc đáo quyến rũ; cây sung hơn trăm năm tuổi vẫn luôn sai quả, trĩu cành; còn cái giếng vuông bằng đá ong đặc trưng của người dân địa phương luôn đầy nước mát lành…Những điều bí ẩn ấy đang chờ đợi những bước chân lữ khách đến tìm hiểu, khám phá.
Thành cổ Hoàng Đế đã được Bộ Văn Hóa – Thông tin xếp hạng di tích lịch sử quốc gia vào năm 1982.
